Sur une route d’Angleterre, une voiture roule en direction de l’aéroport militaire de Hasley. À son bord, le major Rupert Humbletweed, chargé d’une mission secrète pour le gouvernement britannique.

Au Centaur Club, à Londres, le capitaine Francis Blake dîne d’un roastbeef trop cuit avec son ami, le professeur Philip Mortimer. Il lui confie une opération de la plus haute importance : se rendre au Pakistan pour modifier le code d’activation des Espadons stockés dans la base de Makran, afin de permettre leur transfert jusqu’à Scaw-Fell, en Angleterre.

Blake, qui vient de prendre la direction du MI 5, doit ensuite partir pour l’Ulster : d’après l’un de ses agents, l’IRA préparerait un complot d’envergure contre l’Angleterre…

Premier scénariste à avoir repris les aventures de Blake et Mortimer, avec L’Affaire Francis Blake, Jean Van Hamme imagine une suite à l’album inaugural de la série, Le Secret de l’Espadon, qu’il avait découvert lors de sa parution dans Tintin. Vibrant hommage à Edgard P. Jacobs, ce Dernier Espadon est servi par le graphisme très « jacobsien » de Teun Berserik et Peter van Dongen, les dessinateurs de La Vallée des Immortels.